
孤門と凪はビーストが出没した廃工場で少女を保護した。しかし指令に背き、少女を助けるために単独行動をした孤門は責任を問われる。さらに孤門は「一人の命も犠牲にできない」という使命感を凪に「安っぽい理想」と一喝され困惑する。そんな中、孤門は入院中の少女に会いに行く。ところが里奈は孤門のことを何も覚えていなかった。混乱する孤門の前にメモリーポリスのリーダー首藤沙耶が現れる。
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バグバズンが廃工場の地中に潜伏しているとの情報が入った。孤門たちは直ちに出動したが、そこで敷地内に取り残された少女を発見する。姫矢もビーストを感知してウルトラマンに変身しようとした。が、姫矢に向かって光弾が放たれた。その先の爆煙の中から異形の魔人が現れた。「ファウスト」と名乗るその魔人は、ダークフィールドを造りだしてウルトラマンを中へと引き込んでしまう。

石の飛行物体は謎の男を乗せて消え去った。孤門はそれに触れた時、彼の辛い記憶を知る事になる。孤門は彼の記憶の断片から、遂にウルトラマンである彼の正体を突き止める。男の名は姫矢 准と言う、ある紛争地域で命を懸けて戦争の真実を撮っていたカメラマンだった。姫矢の勤めていた新聞社の同僚から、姫矢の見た夢の話を聞いた。それは、自身の夢が勝手に成長すると言う不思議な体験であった。

姫矢の前に根来甚蔵というフリージャーナリストが現れた。彼は姫矢の過去を知っていて、世間に隠れた怪しい動きを嗅ぎつけていた。TLT基地ナイトレイダーでは巨人の名称をウルトラマンと呼称、その分析がなされていた。ウルトラマンが人類の味方だという孤門隊員の意見は相手にされなかった。そんな時、自動車を空から襲う新たなビーストが現れた。

前回の闘いによって「ぺドレオン」は自らを更に進化させていた。強い者と戦う事により、その情報を吸収し強力に模倣をする生物だった。トンネル内に潜伏したビーストを壊滅させるため、孤門たちナイトレイダーは出動準備に入った。「イラストレーター」と呼ばれる謎の吉良沢作戦参謀から配置の指示が出される。孤門は最後の砦として水際でビーストを食い止める役割を担った。
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